Todo o material que entra em contacto directo com as secreções do paciente, sangue e saliva, é esterilizado ou descartado.

A esterilização é feita em autoclaves.

No CDC existem quatro autoclaves sendo dois deles específicos para a esterilização dos instrumentos rotatórios (turbinas...) e os outros  dois fazem a esterilização do restante material.

A documentação dos processos de esterilização é feita por quatro impressoras, uma para cada autoclave.